Niemcy zostali wyparci z terytorium autonomicznego obwodu karaczajskiego w styczniu 1943 r. Niemal natychmiast rozpoczęły się działania NKWD skierowane przeciw działającym na terenie obwodu zbrojnym grupom, szczególnie aktywnym w rejonie uczkułanowskim, gdzie - wedle raportów władz bezpieczeństwa - miało być przygotowywane powstanie antyradzieckie. W ramach represji przeciw związanym z nimi środowiskom sięgnięto także po przymusowe przesiedlenia. Już w połowie stycznia NKWD ZSRR i Prokuratura ZSRR wspólnie ustaliły, że z obwodu karaczajskiego zostaną wysiedlone "rodziny przywódców band i aktywnych bandytów". W sierpniu 1943 r. przeprowadzono deportację 110 rodzin, których członkowie byli oskarżani o przynależność do grup zbrojnych. Do końca 1943 r. na tym terenie zlikwidowano 65 takich grup, których liczebność musiała być stosunkowo niewielka, skoro w sumie liczyć one miały tylko 1416 osób. Schwytano także ponad 2 tys. dezerterów i 300 osób, które określano mianem "współpracowników niemieckich okupantów". Skonfiskowano 7 moździerzy, 15 karabinów maszynowych, ponad 1200 automatów i karabinów, dużą ilość pistoletów i amunicji.
Prawdopodobnie we wrześniu 1943 r. przystąpiono do opracowywania planu masowego przesiedlenia ludności karaczajskiej. Zamierzano skierować ją do obwodów dżambulskiego i południowokazachstańskiego w Kazachstanie oraz do obwodu frunzeńskiego w Kirgizji i opracowano projekt rozmieszczenia jej w poszczególnych rejonach tych obwodów.
Formalne usankcjonowanie podjętych już decyzji politycznych nastąpiło niebawem. 12 października 1943 r. Prezydium Rady Najwyższej ZSRR wydało dekret (opatrzony klauzulą "nie do druku") o przesiedleniu Karaczajów z Karaczajskiego Obwodu Autonomicznego do Kazachstanu i Kirgizji i o likwidacji samego obwodu. Dwa dni później, 14 października 1943 r., odpowiednie postanowienia podjęła Rada Komisarzy Ludowych ZSRR. W uzasadnieniu tej decyzji podnoszono, że w okresie, gdy terytorium Karaczajskiego Obwodu Autonomicznego znajdowało się pod okupacją niemiecką, wielu Karaczajów dopuściło się zdrady, wstąpiło do organizowanych przez Niemców oddziałów i walczyło przeciw władzy radzieckiej, wydawało w ręce hitlerowców obywateli radzieckich, wskazywało Niemcom drogi przez przełęcze Kaukazu, a po usunięciu okupacji ukrywało "bandytów" i agentów niemieckich oraz okazywało im pomoc, przeciwstawiając się władzy radzieckiej. W związku z tym postanowiono wszystkich Karaczajów mieszkających w obwodzie autonomicznym przesiedlić, natomiast sam obwód zlikwidować. Jego terytorium zostało podzielone między Kraj Stawropolski, Gruzję i Kraj Krasnodarski. W skład tego ostatniego weszła część rejonu priegradnienski, natomiast Gruzja otrzymała części rejonów uczkułanowskiego i mikojanowskiego. Dotychczasową stolicę przemianowano z Mikojan-Szachar na Kłuchori. Aby zetrzeć z mapy jakikolwiek ślad po Karaczajach, nawet nazwę rejonu małokaraczajskiego zmieniono na kisłowodski wiejski.
Plany operacji przewidywały przesiedlenie 62842 osób, w tym 37249 dorosłych. Do Wykonania tego zadania skierowano nadzwyczaj dużą liczbę funkcjonariuszy aparatu bezpieczeństwa: w sumie 53327 uzbrojonych pracowników i żołnierzy NKWD. Trudno odpowiedzieć na pytanie o przesłanki użycia tak wielkich sił w ramach tej operacji. Zaplanowano także odpowiednie środki materialne, w tym żywnościowe dla deportowanych. Przewidywano, że każdy z przesiedlanych w toku operacji otrzymywać będzie dziennie 100 g mięsa lub ryb, 80 g kaszy, 10 g tłuszczu, 100 g chleba.
Deportację ludności karaczajskiej z obwodu autonomicznego przeprowadzono 6 listopada 1943 r. Każdej rodzinie pozwalano zabrać ze sobą zaledwie 100 kg dobytku, łącznie z żywnością. Podlegający wysiedleniu byli zwożeni na punkty zborne, a następnie ładowani do 34 eszelonów. W notatce przeznaczonej dla Krugłowa w lutym 1944 r. kierownictwo NKWD Kraju Stawropolskiego informowało, że w listopadzie 1943 r. z Karaczajskiego Obwodu Autonomicznego deportowano 14774 rodziny Karaczajów, liczące w sumie 68938 osób. Już po przeprowadzeniu tej akcji, w Kraju Stawropolskim "ujawniono" 329 Karaczajów, którzy także zostali deportowani. W sumie zatem wysiedlono 69267 osób. Beria w sporządzonym w lipcu 1944 r. raporcie podsumowującym akcje deportacyjne z Północnego Kaukazu podał jednak, iż liczba przesiedlonych Karaczajów wynosiła 68327. Nie ulega wątpliwości, iż była to liczba osiedlonych w miejscach zesłania. Z ustaleń badaczy wynika natomiast, że faktycznie przesiedlono więcej osób - 69964. Być może zatem różnicę między tą liczbą a danymi Berii z lipca 1944 r. trzeba uznać za liczbę zmarłych w transporcie i zbiegłych.
W związku z dokonanym przesiedleniem nastąpić musiały odpowiednie regulacje w systemie gospodarczym. 15 grudnia 1943 r. na posiedzeniu biura krajowego stawropolskiego komitetu WKP(b) dokonano m.in. reorganizacji kołchozów na ziemiach opuszczonych przez Karaczajów: utworzono 17 nowych kołchozów, zlikwidowano 19 dotąd istniejących, w stosunku do 7 podjęto decyzje o połączeniu z innymi. Na obszarze, który przypadł Gruzji zlikwidowano 26 kołchozów.
