Ostatecznie cała operacja została przyspieszona w stosunku do wcześniejszych planów. Jeszcze w rozkazie NKWD z 26 lutego jako datę rozpoczęcia operacji wskazano 10 marca. Tymczasem rozpoczęto ją 8 marca we wczesnych godzinach rannych i w ciągu dwóch dni do Kazachstanu i Kirgizji wysłano, wedle wstępnego meldunku Berii, 37103 Bałkarów, a oprócz tego aresztowano 478 jako element antyradziecki. Skonfiskowano 288 sztuk broni palnej. I znów, jak w toku poprzednich przesiedleń, Beria donosił Stalinowi, że zasługujących na uwagę wydarzeń w czasie przeprowadzania operacji nie było.
Faktyczna liczba przymusowo przesiedlonych, których 14 eszelonami powieziono do Kazachstanu i Kirgizji, była nieco wyższa niż początkowo podawał Beria. Wedle meldunku wydziału przewozów NKWD datowanego 17 marca wyniosła ona 37713 osób. Do obwodu frunzeńskiego skierowano 5446 osób, do obwodu isykkulskiego 2702 osoby, do obwodu semipałatyńskiego 2742, do obwodu ałmaackiego - 5541, do południowokazachstańskiego - 5278, dżałałabadzkiego - 2650, pawłodarskiego - 2614 i do obwodu akmolińskiego - 5219 osób. Ponadto wysłano 5521 Bałkarów do obwodu omskiego. Wynika z tego, iż deportowanych Bałkarów kierowano nie tylko do Kazachstanu i Kirgizji, jak pierwotnie przewidywano, ale także do Rosyjskiej FSRR. Podobny meldunek, ale datowany 23 marca, odnotował w 14 eszelonach 37618 osób, jednocześnie informując, że w drodze zmarły spośród nich 562 osoby. W.N.Ziemskow twierdzi, iż ostatecznie na zesłaniu osiedlono 37406 Bałkarów. Liczbę tę podał Beria w przywoływanym tu już raporcie z lipca 1944 r., podsumowującym akcje deportacyjne z Północnego Kaukazu. W zapisce majora wymiaru sprawiedliwości A.M.Miedwiediewa przeznaczonej dla generalnego prokuratora ZSRR G.Safronowa sporządzonej w grudniu 1948 r. odnotowano natomiast, że w marcu 1944 r. wysiedlono 36741 osób narodowości bałkarskiej, a następnie w trybie deportacji uzupełniających w tymże 1944 r. wysiedlono jeszcze 50 osób, w 1945 r. - 104 osoby, w 1946 r. - 135 osób, w 1947 r. - 45 osób i w 1948 r. - 6 osób.
Podobnie jak w przypadku innych represjonowanych narodowości, także zdemobilizowani oficerowie i żołnierze Armii Czerwonej byli kierowani do miejsc przymusowego osiedlenia swych pobratymców, zgodnie z dyrektywa MWD ZSRR z 22 sierpnia 1945 r. Według danych Wydziału Specjalnych Osiedleń NKWD ZSRR wśród demobilizowanych znalazło się 99 oficerów, 243 podoficerów i 703 szeregowych narodowości bałkarskiej, których zesłano na specjalne osiedlenie.
Zgodnie z dekretem Prezydium Rady Najwyższej ziemie po Bałkarach zasiedlić mieli kołchoźnicy z innych kołchozów republiki posiadających mało ziemi. W praktyce okazało się, że znaczna ich część została opuszczona.
